解剖学报

国内刊号:11-2228/R

国际刊号:0529-1356

解剖学报杂志2025年第1期:基于生物信息学的胰岛素分泌细胞诱导分化早期转录因子-微小RNA-mRNA调控网络的构建

发布日期:

作者:王涛,赵雨薇,潘鑫,马云胜

单位:1锦州医科大学医疗学院医学系; 2.锦州医科大学医疗学院医学技术系,辽宁 锦州121013

关键词:微小RNA, 人胚胎干细胞, 胰岛素分泌细胞, 生物信息学

基金:辽宁省教育厅科学研究经费面上项目资助;国家级大学生创新创业训练项目

目的 探讨人胚胎干细胞(hESCs)向胰岛素分泌细胞(IPCs)诱导分化前期差异表达的基因(DEGs)并构建微小RNA(miRNA)-mRNA调控网络。方法 选择基因表达综合数据库(GEO)内的GSE42094数据集作为研究对象,分为hESCs、Diff1、Diff2、Diff3、Diff4和IPCs 6组。选取Diff1组一过性表达DEGs,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)路径显著性分析,选用STRING数据库进行蛋白相互作用网络分析,运用miRTarBase数据库预测其靶miRNA,构建miRNA-mRNA调控网络并可视化,应用文献数据进行验证。结果 GO功能和KEGG 路径显著性分析发现,Diff1组28个DEGs在生物学过程方面主要集中在原胚肠形成中的细胞迁移和SMAD蛋白信号转导,涉及的KEGG路径为转化生长因子β(TGF-β)和干细胞多能性调控信号通路。通过miRTarBase数据库查找靶miRNA,发现miR-335-5p能够调控CDA、IFITM1、FREM1、FGF17和ROR2 5个基因的表达。进一步通过文献数据验证,发现有26个miRNA 存在于hESCs向IPCs诱导分化的过程中。结论 靶向一过性表达DEGs的miRNA参与IPCs诱导分化进程,其miRNA-mRNA调控网络在诱导分化早期起重要作用。

来源:2025年第1期

《解剖学报》期刊编辑部

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